I desember 1855 ble Praefectura Apostolica Poli Arctici opprettet, vanligvis kalt Nordpolmisjonen. Dens oppgave var å drive katolske misjoner bak polarsirkelen i nordlige deler av Norge og Sverige, Island, Grønland, Færøyene, Shetland, Orknøyene, Kola-halvøya, Caithness i Skottland og den arktiske delen av Nord-Amerika, fra Baffinbukta til Melville Island. Den første prefekten for misjonen fra 1855-1861 var Paul Marie Etienne de Djunkovskij fra Russland.

Alta ble valgt som base for misjonen, en by i den vestlige delen av Finnmark fylke. I 1856 ble et kapell og skole for gutter opprettet på Altagård gård, som drev i over 20 år.

I 1869 oppløste Vatikanet Nordpolmisjonen og konkluderte med at Kirken i dette området burde organiseres på en annen måte.

De siste katolske misjonærene i Alta avsluttet sin virksomhet her i 1898 og flyttet til andre områder. Sykdom, epidemier, fattigdom og sult blant lokalbefolkningen bidro til dette, og mange ble tvunget til å emigrere til Nord-Amerika. Prestene måtte stenge Altagård, hvor skolen for barn og ungdom var, samt basen for deres virksomhet i Nord-Norge. Men kirkene som ble grunnlagt i løpet av de 14 årene misjonen eksisterte (inkludert i Tromsø i 1859) og den aktive evangeliseringsvirksomheten bar frukt, og katolisismen fortsatte å utvikle seg i denne delen av Norge. I 1880 kom elisabethsøstrene til Hammerfest, 140 km fra Alta, og begynte sin tjeneste i Nord-Norge.